Փաշինյանի կառավարությունը մեկ ամսվա ընթացքում կհրապարակի Հայ Առաքելական եկեղեցում առկա ենթադրյալ «ճգնաժամի» վերաբերյալ զեկույց՝ որպես Կաթողիկոսին հեռացնելու և Եկեղեցու ղեկավարումն ու կառավարման համակարգը վերաձևելու իր նախաձեռնության մաս։
«Ես առաջարկելու եմ Ազգային ժողովում ստեղծել քննիչ հանձնաժողով, ուսումնասիրել բոլոր փաստերը և դրա արդյունքում ընդունել օրենսդրական փոփոխություններ», ասել է Փաշինյանը։
Թեև 2018 թվականից սկսած Վեհափառ Հայրապետի դեմ պարբերաբար արշավներ էին իրականացվում, Եկեղեցու դեմ հարձակումները սաստկացան 2020 թվականի Արցախյան պատերազմից հետո, երբ Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Գարեգին Բ-ն կոչ արեց Փաշինյանին հրաժարական տալ։ Լարվածությունն ավելի խորացավ, երբ բարձրաստիճան հոգևորականները սկսեցին քննադատել նրա քաղաքականությունը Արցախի, Ադրբեջանի և տարածքային զիջումների հարցերում։
2025 թվականին Փաշինյանը սկսեց հրապարակայնորեն թիրախավորել Կաթողիկոսին՝ պնդելով, թե նա խախտել է կուսակրոնության ուխտը։ Նա դադարեց օգտագործել Կաթողիկոսի եկեղեցական տիտղոսը և սկսեց պահանջել նրա հեռացումը՝ հետագայում առաջարկելով ժամանակավոր ղեկավարության ձևավորում, Եկեղեցու կանոնադրության վերաշարադրում և նոր Կաթողիկոսի ընտրություն։
Եկեղեցու դեմ ճնշումները շուտով դուրս եկան Կաթողիկոսի դեմ արշավի շրջանակից։ Բագրատ արքեպիսկոպոս Գալստանյանը իր մի շարք աջակիցների հետ ձերբակալվեց և մեղադրվեց իշխանությունը զավթելու նախապատրաստության մեջ։ Մի քանի օր անց կալանավորվեց նաև Միքայել արքեպիսկոպոս Աջապահյանը։ Եկեղեցուն աջակցելու մասին հրապարակային հայտարարությունից կարճ ժամանակ անց ձերբակալվեց նաև բարերար Սամվել Կարապետյանը, ում մեղադրանք առաջադրվեց իշխանությունը զավթելուն ուղղված հրապարակային կոչերի համար։ Հետագայում ձերբակալվեցին նաև Մկրտիչ եպիսկոպոս Պռոշյանն ու այլ հոգևորականներ, իսկ մի շարք հոգևորականների նկատմամբ հարուցվեցին քրեական վարույթներ, կիրառվեցին տնային կալանք և երկրից բացակայելու արգելք։
2026 թվականին արդեն վեց եպիսկոպոսի և մեկ քահանայի նկատմամբ քրեական վարույթներ էին ընթանում՝ Մասյացոտնի թեմի կարգալույծ արված նախկին առաջնորդ Գևորգ Սարոյանի՝ Հայ Առաքելական եկեղեցու դեմ ներկայացրած հայցի շրջանակում, որը խախտում էր Եկեղեցու ներքին կանոնական կարգը։
Մի շարք բարձրաստիճան հոգևորականների նկատմամբ կիրառված արտագնա արգելքների պատճառով նրանք չկարողացան մասնակցել արտերկրում անցկացվող Եպիսկոպոսաց ժողովին։ Երկրից դուրս գալու արգելք էր կիրառվել նաև Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Գարեգին Բ-ի նկատմամբ, ինչի պատճառով նա չկարողացավ մեկնել Վրաստան՝ պատրիարք Իլիա Բ-ի հուղարկավորությանը։
Միևնույն ժամանակ Փաշինյանը շարունակել է հրապարակային հարձակումները Եկեղեցու բարձրաստիճան հոգևորականների դեմ՝ նրանց մեղադրելով քաղաքական և օտար շահեր սպասարկելու մեջ։ Նա Եկեղեցու ղեկավարությանը կապել է «պատերազմի կուսակցության» և «հիբրիդային պատերազմի» հետ, իսկ Արցախի Հանրապետության պահպանման համար հնչող աղոթքները որակել է որպես «պատերազմի քարոզչություն»։
Եկեղեցու այսպես կոչված «բարեփոխումը» այժմ արդեն ներառված է Փաշինյանի կառավարության 2026–2031 թվականների ծրագրում։ Վերջին առաջարկով գործընթացին նախատեսվում է ներգրավել նաև Ազգային ժողովը՝ ստեղծելով քննիչ հանձնաժողով և դրա աշխատանքների հիման վրա նախաձեռնելով օրենսդրական փոփոխություններ։
